备份问题又是企业应该注意的另一个安全问题，既然安全没有100%，那么文件损坏丢失是不可能完全避免的，而备份是使丢失的文件得以找回的重要措施，所以备份的程度、服务程度和费用都需要考虑一下。
据了解，因用户原因导致数据丢失的回复，服务商一般会收取一定的费用。
目前，企业邮箱一般都会采用NAS存储技术。NAS一方面可满足海量存储空间的需求，另一方面NAS的冗余功能可以保证数据的有效性，不会造成数据的轻易丢失。
一套完整可靠的企业邮箱备份方案应具备邮件内容完整备份功能，提供多种备份机制，便于随时审核查询。邮件记录模式可按企业规范需求选择记录所有进出邮件、部分邮件或指定员工名单邮件。并且可以根据企业的部门结构来设定管理权限，避免越权读取资料。合理化的备份管理还需将帐号按群组分类，根据不同的需求，设定不同的过滤策略，使邮件管理更符合企业应用。